A lo largo de la historia el Programa de Desarrollo y Paz del Magdalena Medio, ha orientado su quehacer con 3 líneas estratégicas, que interactúen entre tejidas, son interdependientes e integrales en el territorio, a partir del desarrollo de las acciones con las comunidades, organizaciones y pobladores de la región.

La Primera Línea Estratégica: Derechos Humanos, Diálogo y Construcción de Paz. En esta perspectiva la centralidad está en los derechos humanos,  justicia restaurativa para tener un lugar desde donde hacer diálogo con el planteamiento de justicia transicional y construcción de paz regional en mira de red nacional, esto implica movilizar los referentes territoriales de paz a la reparación colectiva, las construcción de memoria, garantías de no repetición y las condiciones necesarias para la implementación y puesta en marcha de los acuerdos alcanzados entre al gobierno y los grupos insurgentes, necesariamente interpelados con las apuestas de la sociedad civil de la región.

La Segunda Línea Estratégica: Procesos Sociales, Culturales y de Gobernabilidad Democrática. La centralidad en este momento debe ir orientada a la infraestructura social y política para la paz regional, tejida desde las regiones, también construyendo redes nacionales, implican un proceso de organización y de diálogos social y político en la región, en la formación de líderes, ciudadanos en transformación de política favorable, para llegar a la paz y a la democracia y asumir el reto de la incorporación de nuevos actores al ejercicio de la política.

La Tercera Línea Estratégica: Procesos productivos y ambientales para la Equidad y el Desarrollo Sostenible. La centralidad  de la línea va orientada al desarrollo regional y rural con enfoque territorial. Enmarcada en los derechos colectivos y del ambiente; en el sentido de construir y poner en práctica los mecanismos y estrategias que protejan y desarrollen los nichos de vida colectiva y del derecho humano y cultural al territorio por los propios pobladores y pobladoras. Lo que está en juego aquí son las posibilidades de la Vida Querida con la tierra, el territorios y el ambiente; son los derechos colectivos y del ambiente, son recursos naturales, es el territorio en su integralidad.